Portée des décisions individuelles d'abrogation CIR

On peut distinguer deux périodes pour apprécier les effets du retrait d'agrément CIR à l'égard des donneurs d'ordre et des organismes "ex-agréés" :

• Du 4 avril 2014 au 7 décembre 2016 : En l'absence de position de l'Administration fiscale, la décision individuelle d'abrogation d'agrément permettait au sous-traitant de retenir dans la base de calcul de son propre CIR les dépenses correspondantes à la prestation R&D réalisée pour le donneur d'ordre et ce, à compter de la date d'abrogation. Selon : "D'un point de vue économique, cette solution était moins favorable au donneur d'ordre, qui avait initialement contracté avec un prestataire agréé au CIR, mais présentait l'avantage d'éviter un risque de double valorisation des mêmes dépenses par le donneur d'ordre et l'organisme "ex-agréé", commente Delphine Gonzalez, fiscaliste chez Ayming. Depuis 2015, le ministère de la Recherche (MENESR) indiquait dans le Guide CIR que c'est effectivement à la date de conclusion du contrat de sous-traitance qu'il faut se placer pour apprécier si le donneur d'ordre peut valoriser les dépenses externalisées. Même si cette appréciation est dépourvue de toute valeur juridique ou réglementaire et non opposable à l'administration fiscale.
  

• A compter du 7 décembre 2016 :

Les factures émises par le sous-traitant postérieurement au retrait de son agrément CIR, mais au titre d'un contrat de sous-traitance conclu antérieurement à la décision d'abrogation d'agrément CIR, peuvent valablement être retenues dans la base du CIR du donneur d'ordre.

Par ailleurs, la doctrine administrative du 7 décembre 2016 envisage seulement le cas de la demande de retrait d'agrément sollicitée par le sous-traitant alors que les millésimes 2015 et 2016 du Guide CIR du MENESR prévoient les deux hypothèses de renonciation à l'agrément CIR suivantes : La demande de retrait d'agrément et l'absence de renouvellement. "L'Administration fiscale pourrait légitimement considérer que le cas de l'absence de renouvellement de l'agrément CIR est également concerné par cette nouvelle doctrine", précise Delphine Gonzalez.

En principe, la doctrine administrative applicable est celle en vigueur à la date de clôture de l'exercice comptable. Néanmoins, en matière de CIR, l'Administration fiscale considère que c'est la date légale de dépôt de la déclaration spéciale 2069 A SD qu'il faut retenir et non la date de clôture de l'exercice.

Exemple : Une entreprise dont la date de clôture de l'exercice est le 31 décembre 2016 et qui déclare en mai 2017 un CIR au titre de l'année 2016 devra se conformer à la doctrine du 7 décembre 2016.

A l'inverse, une entreprise dont la date de clôture de l'exercice est le 30 septembre 2016 et qui déclare en janvier 2017 un CIR au titre de l'année 2015 (et non pas 2016 car la date de clôture ne coïncide pas avec la fin de l'année civile) ne devrait pas être tenue d'appliquer la doctrine. Toutefois, l'Administration fiscale pourrait considérer le contraire.

"Ainsi, pour calculer le CIR de l'année 2016 de manière sécurisée et conforme aux commentaires administratifs, nous conseillons aux entreprises (donneurs d'ordre et sous-traitants "ex-agréés") dont la date de clôture est le 31 décembre 2016, de prendre en compte la date de signature du contrat de prestations pour savoir lequel des deux contractants est bien-fondé à valoriser les dépenses de R&D objet du contrat", conseille Delphine Gonzalez.

Enfin, cette doctrine ne devrait pas s'appliquer pas aux CIR déclarés avant la date de publication, cette dernière étant dépourvue d'effet rétroactif.